Czynnik bakterii naczyń włosowatych – podejście do identyfikacji niehodowanych patogenów ad 7

Sekwencje 16S rRNA Podobieństwa między nowym organizmem, BA-TF i wybraną Rickettsią i innymi eubakteriami. Zoptymalizowane dopasowanie sekwencji przygotowano z użyciem sekwencji 16S rRNA o długości 480 pz BA-TF (z wyłączeniem sekwencji starterów) i sekwencji innych organizmów. Te dopasowania zostały użyte do skonstruowania drzewa filogenetycznego zgodnie ze standardowymi technikami 36, 37. Jak pokazano na Fig. 3, szczep BA-TF mieści się w podjednostce . purpurowych eubakterii, a dokładnie w kompleksie R. quintana-Agrobacterium tumefaciens. Drzewo to jest spójne z ewolucyjną relacją fioletowych eubakterii i plemienia Rickettsieae, na podstawie porównań pełnej długości sekwencji genu 16S rRNA38. Tabela 2 pokazuje procentowe podobieństwo sekwencji między BA-TF i innymi eubakteriami. Mimo że dane w tabeli są oparte na wybranych pozycjach sekwencji rRNA 16S, obliczenia podobieństw sekwencji przy użyciu całej dostępnej sekwencji BA-TF dały równoważne wyniki (dane nie pokazane). W podobny sposób przeanalizowaliśmy sekwencję od Pacjenta 3 i odbiegającej sekwencji od Pacjenta 4. Wyniki dla każdego nie wykazały znaczącej różnicy w porównaniu z analizą BA-TF: potwierdzono te same związki z innymi organizmami. Sekwencja od Pacjenta 3 była jeszcze ściślej powiązana z R. quintana; ta ograniczona część sekwencji 16S rRNA była identyczna z odpowiadającym regionem sekwencji rRNA R.Sintintana 16S. Drzewa filogenetyczne, zbudowane z każdej z tych dwóch sekwencji dewiacyjnych, były prawie identyczne z oryginalnymi (dane nie pokazane). Sekwencja 16S rRNA o długości 480 pz z BA-TF została zdeponowana w bibliotekach danych GenBank / European Molecular Biology Laboratory.
Używając starterów o szerokim zakresie p93E i p13B, bez napromieniania odczynników i 40 cykli PCR, czasami uzyskaliśmy widoczny produkt DNA, gdy do mieszaniny reakcyjnej nie dodano matrycy DNA ani ekstraktu DNA. Produkt DNA z dwóch takich reakcji sklonowano i zsekwencjonowano. W tych przypadkach sekwencje były identyczne ze sobą i były najbardziej blisko spokrewnione z Pseudomonas cepacia,. Purpurowym eubakterium powszechnie występującym w środowiskach wodnych (dane nie pokazane). Odkrycia te wzmacniają specyficzność związku między sekwencją BA-TF a angiomatozą.
Wiele ludzkich patogenów blisko spokrewnionych ze szczepem BA-TF znajduje się w plemieniu Rickettsieae, chociaż plemię to jest rozproszone filogenetycznie w całym fioletowym typie eubakterii.38 Brucella abortus jest drugim najbardziej zbliżonym organizmem do BA-TF wśród tych, których sekwencje 16S rRNA zostały scharakteryzowane. Zgodnie z naszą analizą, BA-TF jest unikalnym organizmem podobnym do riketsji, który jest najbliżej spokrewniony z R. quintana, czynnikiem wywołującym gorączkę okopową. A. tumefaciens i inne bakterie w tym kompleksie są patogenami roślin i organizmami żyjącymi w ziemi, co sugeruje, że BA-TF, jak również niektóre inne rickettsia, mogły powstać jako organizm związany z rośliną.
Dyskusja
Nasze rozumienie drobnoustrojów chorobotwórczych i chorób, które wywołują, jest ograniczone naszą zdolnością do kultywowania tych organizmów. Szereg ludzkich chorób wiąże się z drobnoustrojami, które można konsekwentnie wizualizować, ale nie rozwijać
[hasła pokrewne: dentestetica, olx pl lubelskie, drożdżówka kalorie ]